Kisah kapal perang Jepang terjadi pada tahun sekitar 1943 yaitu saat ketika Perang Dunia ke-2 masih berlangsung dan Indonesia menjadi salah satu tempat pertempuran antara Sekutu dengan Jepang. Pada saat itu, keadaan Jepang telah mengalami kekalahan dan berlari bersembunyi dari kejaran sekutu. Salah satunya ialah sebuah kapal perang yang awalnya mencari persembunyian dan bantuan di Tongano, Usuku. Namun masyarakat di sana menolak dan beralasan bahwa tempat ini mudah dilihat oleh musuh sehingga pergilah kapal perang Jepang itu ke Pantai Hongaha.

Berbeda dengan respons masyarakat di Tongano, warga Kulati membantu tentara Jepang untuk menyembunyikan kapalnya. Kapal tersebut ditutupi dengan bambu-bambu dan daun-daun kelapa agar tidak ketahuan. Selama tiga hari kapal tersebut berlabuh dan ditutupi, pesawat sekutu yang berpangkal di Australia terus mengintai secara bergantian mencari di mana kapal perang itu berada. Setelah tiga hari, daun-daun kelapa yang digunakan untuk menutupi kapalnya semakin mengering sehingga sekutu dapat mengetahui keberadaan kapal perang tersebut.

Tak butuh waktu lama setelah ketahuan, pesawat sekutu kemudian datang dan mengebom kapal perang milik Jepang tersebut dan mengakibatkan masyarakat Kulati harus berlari dan bersembunyi di gua-gua yang terbatas jumlahnya. Kandasnya, Desa Kulati juga menjadi sasaran dari pengeboman oleh Sekutu dan menyebabkan masyarakat Kulati kehilangan tempat tinggal.

Lain cerita dengan keadaan pada tahun 1990-an sampai dengan tahun 2004. Dalam periode ini, Pantai Hongaha ramai digunakan oleh para pelaut untuk berlabuh. Kapal-kapal besar berisi rempah-rempah dari Indonesia timur dan barang-barang pecah belah dari Jawa siap dikirimkan dalam jumlah besar ke para pembeli.

Kini, Pantai Hongaha yang namanya berasal dari Pohon Honga menyimpan berbagai cerita. Peristiwa pengeboman saat Perang Dunia ke-2, keramaian pelabuhan pada tahun 1990-an, hingga ketenangan dari Pantai Hongaha saat ini menjadi mesin waktu yang siap dijelajahi. Keberadaan bangkai kapal yang dapat dilihat jelas saat snorkeling adalah keunikan yang jarang ditemui di pantaipantai lainnya.